Berikut ini adalah daftar nama-nama yang pernah memimpin Kota Bontang sejak tahun 1999:
No. Foto Nama Wakil Periode Keterangan
No.
| Foto | Nama | Wakil | Periode | Keterangan | |
| 1. | dr. H.A. Sofyan Hasdam, Sp.S | Drs. Sjahid Daroini | 2001–2011 | Sofyan Hasdam juga menjadi penjabat wali kota pada tahun 1999 | |
| 2. | Ir. H. Adi Darma, M.Si | H. Isro Umarghani | 2011–2016 | Disahkan oleh SK Menteri Dalam Negeri No.131.64-82/2011 | |
| 3. |
