Kota Bontang dibagi menjadi 3 kecamatan dan 15 kelurahan, yaitu:
Bontang Utara, terdiri atas 6 kelurahan, yaitu:
Api-Api
Bontang Baru
Bontang Kuala
Guntung
Gunung Elai
Lok Tuan
Bontang Selatan, terdiri atas 6 kelurahan, yaitu:
Tanjung Laut
Tanjung Laut Indah
Berebas Tengah
Berbas Pantai
Bontang Lestari
Satimpo
Bontang Barat, terdiri atas 3 kelurahan, yaitu:
Belimbing
Kanaan
Telihan